核心設施中心(編制內)
90年11月14日90學年度第1次校務會議延會通過

https://cfc.ncku.edu.tw/

能源科技與策略研究中心(編制外)
101年04月11日100學年度第3次校務會議通過

https://cets.ncku.edu.tw/

尖端光電科技中心(編制外)
101年04月11日100學年度第3次校務會議通過

https://researchoutput.ncku.edu.tw/zh/organisations/advanced-optoelectronic-technology-center

前瞻醫療器材科技中心(編制外)
101年04月11日100學年度第3次校務會議通過

https://mdic.ncku.edu.tw/

永續環境實驗所(編制外)
102年04月10日101學年度第3次校務會議通過

http://serl.ncku.edu.tw/

跨維綠能材料研究中心(編制外)
107年06月13日106學年度第4次校務會議通過

http://higem.ncku.edu.tw/

智慧製造研究中心(編制外)
107年06月13日106學年度第4次校務會議通過

http://imrc.ncku.edu.tw/

前沿量子科技研究中心(編制外)
109年09月02日第 823 次主管會報通過
109年10月21日109學年度第1次校務會議備查

https://qfort.ncku.edu.tw/tw

王助系統工程研究中心(編制外)
111年01月19日第831 次主管會報通過
111年04月20日110學年度第4次校務會議備查

https://wtrc.web2.ncku.edu.tw/app/index.php

夏漢民太空科技中心(編制外)
111年01月19日第831 次主管會報通過
111年04月20日110學年度第4次校務會議備查

(網站建置中)