核心設施中心(編制內)
Core Facility Center
90年11月14日90學年度第1次校務會議延會通過

https://cfc.ncku.edu.tw/

能源科技與策略研究中心(編制外)
Research Center for Energy Technology and Strategy
101年04月11日100學年度第3次校務會議通過

https://cets.ncku.edu.tw/

前瞻醫療器材科技中心(編制外)
Medical Device Innovation Center
101年04月11日100學年度第3次校務會議通過

https://mdic.ncku.edu.tw/

永續環境實驗所(編制外)
Sustainable Environment Research Center
102年04月10日101學年度第3次校務會議通過

http://serl.ncku.edu.tw/

韌性智慧能源研究中心(編制外)
Center of Resilience and Intelligence on Susitainable Energy Research 
107年06月13日106學年度第4次校務會議通過(原跨維綠能材料研究中心)
114年10月15日第850 次主管會報通過(更名為韌性智慧能源研究中心)

http://higem.ncku.edu.tw/

智慧製造研究中心(編制外)
Intelligent Manufacturing Research Center
107年06月13日106學年度第4次校務會議通過

http://imrc.ncku.edu.tw/

前沿量子科技研究中心(編制外)
Center for Quantum Frontiers of Research & Technology
109年09月02日第 823 次主管會報通過
109年10月21日109學年度第1次校務會議備查

https://qfort.ncku.edu.tw/tw

王助系統工程研究中心(編制外)
Wong Tsoo Systems Engineering Research Center
111年01月19日第831 次主管會報通過
111年04月20日110學年度第4次校務會議備查

https://wtrc.web2.ncku.edu.tw/app/index.php

夏漢民太空科技中心(編制外)
Han-Min Space Science and Technology Center
111年01月19日第831 次主管會報通過
111年04月20日110學年度第4次校務會議備查

https://hmsstc.ncku.edu.tw/

資安科技研究中心(編制外)
Cybersecurity Technology Research Center
113年10月30日第846次主管會報通過(生效)

https://www.ctrc.ncku.edu.tw/
 

立方衛星研發中心(編制外)
CubeSat Research & Development Center
113年10月30日第846次主管會報通過(生效)

https://csrdc.web2.ncku.edu.tw/

水科技研究中心(編制外)
Research Center for Water Scinece and Technology
115年01月07日第851次主管會報通過(生效)

https://hstrc.hyd.ncku.edu.tw/