生物科技中心(編制內)
Center for Bioscience and biotechnology
88年06月09日87學年度第4次校務會議通過

https://cbb.ncku.edu.tw/

傳染性疾病及訊息研究中心(編制外)
Center of Infectious Disease and Signaling Research
101年04月11日100學年度第3次校務會議通過

https://cidsr.web2.ncku.edu.tw/

國際傷口修復與再生中心(編制外)
International Center for Wound Repair and Regeneration
107年06月13日106學年度第4次校務會議通過

https://iwrr.ncku.edu.tw/

前瞻蝦類養殖國際研發中心(編制外)
International Center for the Scientific Development of Shrimp Aquaculture
107年06月13日106學年度第4次校務會議通過

https://sites.google.com/view/icdsa-zh/home/

奈米醫學研究中心(編制外)
Center of Applied Nanomedicine
107年06月13日106學年度第4次校務會議通過

http://can.ncku.edu.tw/

蘭花研發中心(編制外)
Orchid Research and Development Center
112年11月1日第 842 次主管會報通過
113年4月17日112學年度第3次校務會議備查

https://ordc.ncku.edu.tw/

前瞻生物電子醫學研究中心(編制外)
Center for Transformative Bioelectronic Medicine
115年01月07日第851次主管會報通過(生效)

(網站建置中)